Prot viene rinchiuso in un manicomio di New York poiché afferma di venire da K-PAX, una pianeta situato nella costellazione della Lira.
Insensibile agli psicofarmaci, viene trasferito in una prestigiosa clinica di Manhattan, per essere curato dal rinomato dottor Powell. Lo psichiatra è incuriosito dal comportamento estremamente convincente di Prot e lo sottopone sia ad esami fisici, che dimostrano la capacità di Prot di vedere i raggi ultravioletti, solitamente non captabili dall'occhio umano, sia a test di tipo “astronomico”, che dimostrano la sua non comune conoscenza delle leggi del cosmo. Inoltre, Prot esercita una notevole influenza su tutti gli altri rinchiusi nella clinica, tanto che molti di essi riescono a superare, almeno in parte, le proprie patologie grazie agli insegnamenti di Prot (“ognuno nel cosmo possiede la capacità di guarire dentro di sé”).
Prot proviene quindi da K-PAX? Un avvenimento imprevisto, una lancia spruzza acqua da giardino che lo investe col getto d'acqua sembra rivelare al dottor Powell la vera natura di Prot: per Powell inizia una corsa contro il tempo per capire l'origine del suo male e tentare di guarirlo, dato che Prot ha annunciato il suo rientro su K-PAX nel giro di pochi giorni.