Dastan (Jake Gyllenhaal) è un orfano cresciuto per le strade di Babilonia, capitale del grande Regno di Persia che, in virtù del suo coraggio e della sua nobiltà d'animo, viene adottato dal re Sharaman I e diventa il terzo Principe di Persia. Divenuto adulto, accusato ingiustamente dell'omicidio del padre si allea con la Principessa Tamina di Alamut (Gemma Arterton) per proteggere il Pugnale del Tempo, un oggetto sacro in grado di permettere al suo possessione di riavvolgere il tempo sfruttando il potere delle Sabbie del Tempo, scatenate all'alba dei tempi come castigo per l'umanità avida e malvagia e racchiuse successivamente in una clessidra dopo che gli dèi avevano deciso di concedere all'uomo una seconda possibilità. Il Pugnale e la Clessidra sono ambite dal visir Nazim (Ben Kingsley), fratello del defunto sovrano, che intende usare le Sabbie del Tempo per cambiare il corso della storia e diventare re al posto di Sharaman.